Cikal bakal berdirirnya Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) Universitas Islam Negeri Fatmawati Sukarno Bengkulu bermula dari Jurusan Syariah STAIN Bengkulu yang membuka Program Studi Ekonomi Islam pada tahun 2008 dengan ketua Program Studi pertama yaitu Masril, SH. dan ketua Jurusan Syariah Drs. Amri Said. Kemudian berdasarkan Peraturan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1429 Tahun 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam, bahwa nama Program Studi harus disesuaikan dengan PMA No. 36 Tahun 2009, maka Jurusan Syariah diubah menjadi Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam IAIN Bengkulu, dengan ketua Jurusan Drs. Parmi Nurdin, SH, dan Program Studi Ekonomi Islam menjadi Ekonomi Syariah. Pada tahun 2012 Jurusan ini membuka Program Studi Perbankan Syariah, dan Dr. Desi Isnaini, MA ditunjuk sebagai ketua Program Studi. Maka mulai tahun 2012 Dr. Desi Isnaini, MA merangkap jabatan sebagai Ketua Jurusan Ekonomi Islam (EKIS) dan ketua Program Studi Perbankan Syariah. Keadaan ini berlanjut sampai terbitnya Peraturan Presiden RI Nomor 51 tanggal 25 April Tahun 2012 tentang perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Bengkulu menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Bengkulu. IAIN Bengkulu diresmikan oleh Meteri Agama Republik Indonesia, Surya Dharma Ali pada tanggal 13 Maret Tahun 2013. Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 35 tanggal 23 November Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja (Ortaker), dengan Rektor pertama Prof. Dr. H. Sirajuddin M, M. Ag, MH. Mulai saat itu IAIN Bengkulu memiliki tiga Fakultas, yaitu Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam (FSEI), Fakultas Tarbiyah dan Tadris (FTT); dan Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Dakwah (FUAD). Sejak diresmikan tanggal 13 Maret 2013 sampai 31 Maret 2013, FSEI dipimpin oleh Drs. Parmi Nurdin, SH, MH (Ketua Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam) sebagai PJS. Dekan,. Sejak 1 April 2013 Dekan FSEI dipercayakan kepada Dr. Asnaini, MA sampai 7 November 2015. FSEI memiliki dua Jurusan. Jurusan Syariah diketuai oleh Ibu Yusmita, MA, dan Jurusan Ekonomi Islam diketuai oleh Dr. Desi Isnaini, MA. Di masa kepemimpinan Dr. Asnaini, MA, FSEI mulai mengusulkan pemisahan antara Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam. Usulan ini bermula dari diskusi panjang baik di kalangan civitas akademika IAIN maupun masyarakat (user) bahwa penggabungan antara jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam dalam satu fakultas, baik dari sisi akademik atau bidang keilmuan terasa kurang tepat (terkesan dipaksakan). Sebab itu, IAIN Bengkulu melalui FSEI IAIN Bengkulu mulai menyusun proposal pemisahan Fakultas dari Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam menjadi Fakultas Syariah & Hukum (FSH) dan Fakultas Ekonomi & Bisnis Islam (FEBI). Jadi, secara historis, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Bengkulu yang ada saat ini, selanjutnya disingkat dengan FEBI IAIN Bengkulu merupakan pemisahan dari Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam. Pemisahan ini sudah direncanakan dalam Rencana Induk Pengembangan IAIN Bengkulu dan Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam. Diawali dengan penyusunan proposal pemisahan tahun 2013. Didorong oleh keinginan Institut dan FSEI yang dikawal langsung oleh Rektor IAIN Bengkulu Bapak Prof. Dr. H. Sirajuddin M, M.Ag, MH., dan Tim yang dipimpin langsung oleh Dekan FSEI, maka dalam waktu 20 bulan, keinginan untuk memisahkan Fakultas tersebut membuahkan hasil. Diawali pada 17 September 2014 Tim pemisahan yang diwakili oleh Rektor IAIN Bengkulu Prof. Dr. H. Sirajuddin M, M.Ag, Dekan FSEI Dr. Asnaini, MA, dan Wakil Dekan II Dra. Fatimah, MA diundang untuk mempersentasikan kesiapan pemisahan Fakultas di hotel Ibis Jakarta di depan Tim Pendis Kementerian Agama RI untuk pertimbangan pemberian rekomendasi pemisahan. Tepat pada tanggal 16 Januari Tahun 2016, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berhasil diresmikan oleh Prof. Dr. Phill, H. Kamaruddin Amin, M.A Dirjen Pendis Kementrian Agama RI berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 30 Tanggal 5 Juni Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Bengkulu. Hingga saat ini Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEBI) UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu memiliki dua jurusan. Pertama, jurusan ekonomi Islam yang terdiri dari dua prodi yaitu Ekonomi Syariah dan Perbankan Syariah. Kedua, jurusan manajemen yang terdiri dari Manajemen Zakat dan Wakaf dan Manajemen Haji dan Umrah. (Humas FEBI)